העקרונות בכריתה של גידולים בבסיס הגולגולת דומים לתיאור שתואר בגידולים שפירים וממאירים קודם. ההבדל המשמעותי שבניתוחים אלו נכרת החיץ המפריד בין חלל האף למוח, מה שגורם לסיכון גבוה, לסיבוכים וזיהומים במוח. לכן עיקרון חשוב לא פחות מהכריתה, הוא שחזור ואיטום ליצירת הפרדה מוחלטת בין חלל האף והסינוסים למוח. כלומר יש להשקיע מחשבה משמעותית על תוכנית סיום הניתוח, בשלב האטום של הפגם שנוצר. ישנן מספר אפשרויות לאיטום בתלות בגודל הפגם ובמקום הפגם. לרוב האיטום מתבצע במספר שכבות, שכבה בתוך חלל הגולגולת, שכבה נוספת במעטפת קרום המוח, ושכבה מעל קרום המוח על עצם בסיס הגולגולת. השכבה החיצונית היא לרוב מבוצעת בעזרת מתלה מרירית האף, שמסובב למקום עם אספקת הדם הדם שלו, כך שבמהלך ההחלמה הרירית תדבק, ותחיה במקומה החדש במהירות. במהלך ההחלמה מניתוח כזה, מתבקשים המנותחים להימנע מפעולות המעלות את הלחץ במוח, עד לקליטה טובה של האיטום.
