למעשה סינוסיטיס כרונית היא תיאור מצב של דלקת קבועה בסינוסים, בשונה מדלקת חוזרת בסינוסים, אשר מתארת מצב של אירועים חוזרים של דלקות חריפות בסינוסים, כאשר בין האירועים הסינוסים מחלימים ומבריאים. עם זאת גם בסינוסיטיס כרונית, יש זמנים בהם יש החמרה במצב הדלקת ולעיתים נסיגה במצב הדלקת. אולם בכל הזמן יש רמה מסוימת של דלקת בסינוסים, הסינוסים לא מחלימים באופן מלא. מסווגים את הסינוסיטיס כרונית במספר דרכים, על פי מנגנון הדלקות ועל פי הסינוסים המעורבים. מקובל לתאר את הדלקת על פי האפיון האימונולוגי שלה. כלומר איזה תאי דלקת ומתווכי דלקת פועלים ברירית הסינוסים, מקובל לאפיין את הדלקת כדלקת מסוג 2 (type 2) ודלקת שאינה מסוג 2 (type 1, type3). בדלקת מסוג 2 המכונה דלקת איאוזינופילית, תאי הדלקת הפעילים הינם איאוזינופילים, זו היא צורת דלקת האופיינית גם באסטמה ובנזלת אלרגית. הביטוי של דלקת מסוג 2 בסינוסים יהיה פוליפים, גודש, בצקת, והפרשה סמיכה המורכבת ריר צמיג. לרוב הכינוי המוכר של דלקת זו היא סינוסיטיס כרונית עם פוליפים (פוליפים באף).
בדלקת מסוג 1 ו- 3 התאים המשמעותיים בדלקת הם נוטרופילים ומקרופאג'ים. דלקת זו מאופיינת בסינוסיטיס עם בצקת, גודש והפרשה מוגלתית. דלקת זו נגרמת בדרך כלל מזיהומים מקרוביאלים (חיידקים או פטריות). אחד המנגנונים הוא יצירת מבנה הנקרא ביופילם, חיידקים שונים יוצרים מאין קהילה המוקפת מעטפת מחומרים שהפרישו, המגנה עליהם מפני מערכת החיסון ואנטיביוטיקה. במקרים מסוימים הדלקת נגרמת מתגובה לפטרת שחודרת לסינוס בכמות רבה, ומתיישבת בו בלי יכולת של הסינוס להתמודד איתה. חסימה של פתחי הסינוסים הפוגעת בניקוז ובאוורור שלהם, יוצרים תגובה דלקתית בסינוסים החסומים, ופגיעה בפינוי חומרים מזהמים מהסינוס והיווצרות סינוסיטיס כרונית. הפרעות אנטומיה כגון סטיית מחיצה ופוליפים, חוסמות את פתחי הסינוסים ופוגעות באוורור, ובכך גורמות לדלקת כרונית. תפקוד לקוי של מערכת החיסון, פוגע ביכולת להתמודד עם זיהומים, וגורם לדלקת מתמשכת.
גירויים סביבתיים כגון חשיפה לזיהום אוויר, עישון, חשיפה תעסוקתית, יכולים לפגוע ברירית הסינוסים, ולגרום ליצירת סינוסיטיס כרונית.
מנגנון דלקתי נוסף שגורם לסינוסיטיס כרונית, קשור בתפקוד לקוי של הרירית, מה שמכונה המערכת המוקוסיליארית. תפקוד לקוי של הריסים, המצפים את התאים ברירית האף והסינוסים, מפחית את היכולת לנקות ריר והפרשות. מנגד גם הפרשת יתר של ריר ו / או הפרשות ריר צמיג, מפריעה לפינוי וניקוי ריריות האף. חשוב לאפיין במדויק את מנגנון הדלקת, בכדי להתאים טיפול מיטבי. לעיתים הסינוסיטיס כרונית נגרמת משילוב של המנגנונים, מה שמצריך טיפול משולב ומעורבות של מספר תחומים רפואיים.
