ניתוחים חוזרים נדרשים במצבים בהם הניתוח הראשון: 1) לא היה מוכוון מספיק לבעיה שהצריכה טיפול, 2) לא היה נרחב מספיק כדי לטפל בכל האזורים החולים, 3) במהלך הניתוח התרחש סיבוך או שהייתה בעיה שמנעה את המשך הניתוח, 4) ההחלמה מהניתוח לא הייתה מספיק טובה ונוצרו סינוסים חסומים שלא יכולים להתאוורר, 5) חזרה של סינוסיטיס כרונית בשל דלקת קשה.
בהערכה של מטופל לפני ניתוח חוזר, חשוב לוודא שרמת התסמינים ואו רמת הסיכון במצבו של המטופל, מצדיקים ניתוח חוזר. לעיתים על אף תוצאות לא מיטביות מהניתוח הראשון, ניתן לשלוט על התסמינים באמצעות טיפול מונע. במידה ולא ניתן לעשות זאת, והניתוח הוא האופציה הטיפולית, יש לבצע הערכה טרום ניתוחית מקיפה, כולל הדמיה CT או MRI עדכניים. במקרים רבים יש יתרון לשימוש במערכת ניווט הדמייתית במהלך הניתוח, על מנת להקטין את הסיכונים, ולבצע ניתוח בטוח יותר ואיכותי יותר. באופן כללי ניתוח חוזר קשה יותר ומורכב יותר, מאחר וחלק מהסינוסים חולים בשל הפרעה תפקודית, הנובעת מריפוי לא תקין לאחר הניתוח הקודם. על מנת להחזיר לסינוסים פעילות תקינה וניקוז טוב, בדרך כלל נדרשת פתיחה רחבה יותר של הסינוסים, תוך התמודדות עם חלל שהאנטומיה בו השתנתה לאחר הניתוח הקודם. המנתח בניתוח חוזר מתמודד עם רקמת צלקת ששונה מהרקמה הנורמאלית, בכך שהיא נוקשה יותר ונוטה להצטלק מחדש במהלך הריפוי. לכן בניתוח כזה ננקטים גם פעולות המיועדות למניעת הישנות הצלקת. החלמה מניתוח חוזר אינה בהכרח קשה יותר, לעיתים יידרש מעקב צמוד יותר, בכדי למנוע יצירה מחדש של צלקות החוסמות את הסינוסים.
