מטרת הניתוח לטיפול בסינוסיטיס היא לייצר מצב שבו הסינוס מבריא ונשאר בריא לאורך זמן. מטרה נוספת חשובה לא פחות, היא שיפור התסמינים הנגרמים בשל המחלה בסינוס. החלמה של הכאבים, שיפור הנשימה האפית, הפסקת ההפרשה הדלקתית מהסינוסים ומהאף, ולעיתים טיפול בשיעול ואיכות חוש הריח. לעיתים קרובות כחלק מההכנה לניתוח מבוצעת הדמיה לסינוסים (ct ו- mri) המסייעת למנתח להבין את נרחבות המחלה, איזה סינוסים מעורבים, ומהי הגישה הנוחה ביותר לניתוח בסינוסים המעורבים. בניתוחים לדלקות של הסינוסים העיקרון הוא מינימליסטי, פתיחה מדויקת של דרכי הניקוז של הסינוסים המעורבים, כך שניתן יהיה לרפא אותם, ולאפשר מצב של ניקוז מספק לאורך זמן. בשל הגישה המוגבלת והמדויקת, ניתן לצפות יחסית להחלמה קלה בניתוחים אלו, עם חזרה מהירה למצב בו האף מתפקד באופן מיטבי.
