סיבוכים אפשריים בניתוח אפשר לחלק לסיבוכים המתרחשים במהלך הניתוח ולאחר הניתוח. במהלך הניתוח אחד הקשיים העומדים בפני המנתח, הם דימומים מרירית האף, המקשים מאוד על איכות הראיה בניתוח, מה שעלול להאריך את זמן הניתוח ולהקשות על הדיוק בניתוח. לכן הניתוח מבוצע בדרך כלל בתנאים של לחץ דם נמוך ודופק נמוך. אחת מהמיומנות הקשות שרוכש מנתח סינוסים, היא להשלים את הניתוח גם בתנאים שיש דימום משמעותי מהרירית. לעיתים נדרש המנתח בדימומים משמעותיים יותר, כגון דימומים ממקור עורקי, לצרוב את העורק המדמם. במקרים של דימומים קשים שקשה להשתלט עליהם בעזרת צריבה, הפתרון יהיה איטום של האף עם חבישות לחץ (טמפונים) והפסקת הניתוח. סיבוכים הקשורים בפריצת גבולות הניתוח, כגון חדירה לארובת העין ופגיעה בבסיס הגולגולת, הינם סיבוכים נדירים, אולם מצויים בספרות המקצועית של העוסקים בניתוחים אלו. לדוגמא, בפגיעה וחדירה לארובת העין, לרוב אין נזק משמעותי מעבר לנפיחות ושטף דם סביב העין. במקרים יותר נדירים יכול להיפגע השריר המניע את גלגל העין, וכתוצאה מכך להיגרם כפל ראיה. כאשר נגרמת פגיעה בבסיס הגולגולת, עלולה להתרחש פגיעה במעטפת המוח עם דליפה של נוזל המוח, מצב שאם לא מטופל יכול לגרום לדלקת בקרום המוח. לכן במידה ומתרחש סיבוך כזה, יש לטפל בו במהלך הניתוח, ע"י איטום הפגם שנוצר. חשוב להדגיש שאלו מקרים חריגים, שלרוב קשורים בחוסר מיומנות וקושי בניתוח. מקרים אלו ירדו מאוד בשכיחותם, עם ההתקדמות הטכנולוגית והתקדמות הטכניקות הכירורגיות. בשל כך על המנתח המיומן לזהות מראש מטופלים בעלי סיכון גבוה יחסית להתרחשות של סיבוך כזה, ולנקוט צעדי מנע בהכנת הניתוח ובמהלך הניתוח. הסיבוכים השכיחים יותר לאחר הניתוח קלים יחסית. סיבוכים כגון זיהומים והידבקויות ניתנים לטיפול, ולרוב לא יגרמו בעיה ארוכת טווח. בזיהומים לאחר הניתוח חיידקים פולשים לסינוסים בתקופה שהם בתפקוד לקוי יחסית בגלל תהליך ההחלמה, וגורמים להתפתחות זיהום. לרוב הטיפול יהיה אנטיביוטיקה ובזה תפטר הבעיה. הידבקויות של הרירית לאחר ניתוח סינוסים יחסית שכיחות, הן עלולות להיווצר כשיש פציעה ברירית באזורים שהם צמודים אחד לשני, ובהחלמה נוצר איחוי לקוי בין שני אזורים אלו. ברוב המקרים זה חסר משמעות, אולם כאשר ההידבקות יוצרת הצטלקות בפתחי הסינוסים, היא תגרום לחסימה בתעלות הניקוז, מה שעלול לגרום לפגיעה בתוצאה הסופית של הניתוח. אחד הנושאים שהמנתח נותן להם דגש במהלך הניתוח, הוא מניעת הידבקויות. לצורך זה במהלך הניתוח יש להימנע מפגיעה מיותרת ברירית, לשמור על יציבות הקונכיות, ובסוף הניתוח משאירים חומרי ספיגה ואטימה בחלל הסינוסים, שמונעים את ההידבקויות.
