ניתוחים בסינוסים מה שמכונה הרבה פעמים פס FESS או בצורה יותר מדויקת ESS (Endoscopic Sinus Surgery), הם ניתוחים המבוצעים דרך האף ללא חתכים חיצוניים, בעזרת ציוד אינדוסקופי (ניתוח זעיר פולשני המבוצע באמצעות מכשור ייעודי), כאשר המטרה היא חשיפת האזור החולה בסינוסים, פתיחת הניקוז של הסינוסים, או כריתת הנגע או המחלה בסינוסים תוך שימור של הרירית ותפקוד האף. האנדוסקופ הינו צינורית מתכת עם סיב אופטי באורך 18 ס"מ ורוחב 4 מ"מ, שמחוברת למצלמת HD ובצורה כזאת הניתוח מבוצע מול מסך, כך שהתמונה המתקבלת מוגדלת וחדה, ומאפשרת עבודה מדויקת ועדינה. הכלים הייעודיים גם הם צרים וארוכים, עם מגוון של זוויות ואפשרויות פעולה, כך שיהיה ניתן להגיע לכל נקודה בחלל האף והסינוסים. אופי הניתוח והיקפו נקבעים על פי מטרות הניתוח. לדוגמא, כאשר מדובר בדלקת חוזרת של הסינוסים, לרוב אי אפשר יהיה להסתפק בניתוח שכולל פתיחה של ניקוז הסינוסים בלבד. לעומת זאת במחלות בהן יש תפקוד לקוי של הרירית כמו סינוסים עם פוליפים או גידולים היקף הניתוח יהיה נרחב, ומעבר לפתיחה רחבה של פתחי הניקוז, הרבה פעמים נדרש לנקות את תוכן הסינוסים. יש מספר מצבים בהם הניתוח ימוקד לסינוסים ספציפיים שחולים לדוגמא, כאשר יש דלקת כרונית בסינוס כתוצאה בתחלואה בשורשי השיניים, הניתוח יתמקד בסינוס המקסילרי, ומטרתו תהיה פתיחה רחבה של הסינוס הזה בלבד וניקיון שלו. לעומת זאת במידה ויהיה מדובר בנגע אחר כמו ציסטה או גידול או פוליפ בסינוס, הממוקמים באזור מסוים בסינוסים, הניתוח צריך להיות מכוון לכריתה שלמה של הנגע, ולא נדרשת הרחבה משמעותית גדולה של פתח הניקוז. ישנן מחלות דלקתיות כגון סינוסים עם פוליפים, שמערבות את כל ריריות הסינוסים. במקרים אלו מטרת הניתוח תהיה פתיחה רחבה של כל הסינוסים, ויצירה של חלל אחוד עם ניקיון של חלל הסינוס. בניתוחים אינדוסקופיים לגידולים המטרה החשובה היא הסרה מלאה של הגידול. לעיתים ניתוח כזה יכלול כריתה של חלק מאיברים שכנים, כגון עצמות הפנים וארובות העיניים. בניתוחים אלה הגישה תהיה רחבה ככל האפשר, תוך פחות שימת לב לפתחי הניקוז של הסינוס, על מנת שיהיה אפשר לכרות את הגידול באופן בטוח ומלא. בהכנה לניתוחים בסינוסים, מעבר להערכה ובדיקה אצל רופא שמתמחה במחלות אף וסינוסים, המטופל יצטרך לבצע הדמיה של הסינוסים בדרך כלל C.T או לעיתים רחוקות MRI. זאת על מנת להבין בצורה תלת ממדית את מבנה בסיס הגולגולת, מבנה ארובות העיניים ומבנה הסינוסים. במקרים מורכבים ומסובכים ניתן להשתמש במערכת ניווט במהלך הניתוח, המבוססת על ההדמיה שבוצעה C.Tאו MRI.בדרך כלל ההחלמה מניתוח סינוסים אינה קשה, אולם צפויה אי נוחות משמעותית הקשורה בחסימה של האף, והפרשות דמיות בשבוע הראשון לאחר הניתוח. צפויים גם תחושות לחץ בפנים וכאב ראש לא קשה, הקשורים בחסימת נתיב הנשימה האפית והסינוסים לאורך זמן. כחלק מהפעולות העוזרות להחלמה מהירה מהניתוח, נדרש המטופל לבצע שטיפות של האף עם מי מלח, וכ- 10 ימים עד שבועיים לאחר הניתוח יוזמן המטופל לבדיקה וטיפול, בו יישאבו הפרשות שהצטברו, ושארית של חומרי ספיגה שעוזרים להחלמה ומניעת הידבקויות.
