דלקת בסינוסים הנגמרת כתוצאה מפטריות, יכולה להיות מכמה סוגים. פטריות יכולות לגרום למגוון של בעיות וזיהומים בסינוסים, החל מזיהומים קשים ומפושטים (במיוחד באוכלוסיות הסובלות מכשל חיסוני), ועד להצטברות של פטרייה בסינוסים, ללא תסמינים בסינוסים הגדולים. זיהומים פטרייתיים מפושטים הם נדירים ביותר ורלוונטיים באוכלוסיות עם כשל חיסוני. במקרים אלו הטיפולים אגרסיביים יותר, וכוללים טיפולים אנטי פטרייתיים מורכבים, ניתוחים אגרסיביים, ואשפוז בטיפול נמרץ בבתי החולים הגדולים. המקרים השכיחים יותר, הינם זיהומים ממוקדים בסינוסים, ללא התפשטות מעבר לסינוסים. המנגנון הינו חדירה של הפטרייה לסינוסים, והתרבות שלה במהלך שהוא ארוך זמן ואיטי, עד ליצירת תסמינים. כאשר הפטרייה גדולה עד כדי חסימה של הסינוס, או שיש זיהום משני חיידקי, הבעיה הופכת להיות תסמינית, ואז מופיעים כאבים סביב הסינוס החולה, והפרשה מוגלתית. הסינוסים המעורבים בדרך כלל הם הסינוס המקסילרי והסינוס הספנואידלי. זיהום בסינוס הספנואידלי יגרום לכאבים בראש. לעומתו זיהום בסינוס המקסילרי יגרום לכאבים בפנים, מתחת לארובת העין, ולעיתים בשיניים. לזיהום פטרייתי הטיפול הוא ניתוחי. בניתוח המטרה המרכזית היא לנקות את כל הפטרייה והסינוס, ולהשאיר את הסינוס פתוח כדי שיוכל להחלים בצורה מיטבית. לכן בשונה מניתוח בדלקות חוזרות, במקרה זה פתיחת הסינוס צריכה להיות רחבה, שמאפשרת ניקיון מלא של הסינוס מהפטרייה. לעיתים נדירות ובסוגים ספציפיים של פטריות, נוצרת תגובה כמו אלרגית לפטרייה, הגורמת להיווצרות דלקת עם פוליפים והפרשה מרובה, עם הרחבה של הסינוסים (Allergic Fungal Sinusitis). גם במקרים אלו המטרה היא לנקות לחלוטין את המשקע הפטרייתי מהסינוסים. במקרים ספציפיים אלו בגלל התגובה האלרגית, טיפולים בתרסיסים סטרואידיאליים מקומיים, או טיפול סיסטמי בסטרואידים יכולים להיות יעילים.
